Zotero et gestion de la bibliographie

Zotero est un logiciel gratuit qui permet de :

- collecter des références bibliographiques et des PDF d'articles ou de livres

- organiser et classer ses références bibliographiques

- créer des citations et bibliographies automatiquement dans la norme bibliographique souhaitée

- synchroniser sa bibliothèque avec son compte Zotero en ligne et partager ses références avec les bibliothèques de groupe

Quelques prérequis :

1. Il est conseillé d'utiliser un des navigateurs suivant : Google Chrome, Mozilla Firefox, Microsoft Edge ou Safari (pour lequel, le connecteur est à activer directement dans les paramètres des extensions de Safari).

2. Il est conseillé d'utiliser un des logiciels de traitements de texte suivant : LibreOffice Writer ou Microsoft Word.

Vous pouvez trouver un tutoriel plus synthétique en format .pdf ici !

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Quelques étapes importantes sont à suivre et à comprendre pour se servir efficacement de Zotero.

Vous devez :

- télécharger le logiciel

- télécharger le connecteur - il apparait ensuite en haut à droite de votre navigateur. Sinon il est retrouvable dans l'icône de pièce de puzzle des extensions de votre navigateur au même endroit. Nous vous recommandons alors de l'épingler à la barre personnelle.

- télécharger le plugin de traitement de texte via Zotero dans le menu : Édition -> Paramètres -> Citer -> Traitements de texte -> Installer l'extension LibreOffice/Microsoft Word. Sur LibreOffice, les icônes Zotero apparaissent en haut à gauche de la fenêtre. Sur Word, les icônes Zotero apparaissent dans un onglet "Zotero" à part comme les onglets "Édition" ou "Affichage".

Attention : si vous voulez installer Zotero sur un Chromebook ou sur Linux, vous devez suivre une procédure un peu particulière en suivant ce guide.

Vous avez plusieurs façons de collecter une référence. 

Avec le connecteur Zotero :

Types de ressources	Recommandations de plateformes	Icône connecteur	Points de vigilance
Thèses	Sudoc		Type de document Lieu
Ouvrages	Sudoc		Aucun
Articles scientifiques	N'importe quelle base de données (Pubmed, Cochrane...), plateforme d'éditeurs (Cairn, ScienceDirect...) ou archives ouvertes comme HAL		Aucun
Pages Web	N'importe quelle page web		Auteur (quand il s'agit d'un site institutionnel) Date

Avec le menu de la baguette magique  en haut de la colonne centrale du logiciel. Cet outil vous permet d'importer des métadonnées depuis un identifiant tel que le DOI (pour les articles scientifiques), le PubMed ID (pour les ressources présentes sur PubMed), ou l'ISBN (pour les ouvrages).

En important un fichier .pdf soit en le glisser déposer depuis vos fichier, soit en cliquant sur l'icône d'importation de fichier en haut de la colonne centrale du logiciel.

	1. Créer des dossiers et sous-dossiers pour organiser les références 2. Développer la flèche pour voir les documents associés à la référence  3. Vérifier les métadonnées dans l'onglet info 4. Ajouter une note liée soit à la référence, soit au dossier 5. Recherche simple et recherche avancée 6. Créer une référence manuellement 7. Ajouter des marqueurs (mots-clés, tags...)

1. Cliquer sur l'icône du menu Zotero. 2. Une fenêtre  s'ouvre, choisir le style de la bibliographie (la première fois). 3. Dans le rectangle rouge  , développer la flèche -> vue classique pour choisir la référence et insérer l'appel à la citation. 4. Cliquer sur l'icône  pour insérer une note, une citation... 5. Cliquer sur l'icône  pour insérer la bibliographie. 6. Mettre à jour la bibliographie (si besoin): . 7. Changer les préférences du document, notamment le style de la bibliographie : . 8. Cette dernière icône supprime tous les liens entre le document et le logiciel : .

Zotero dispose d'un site web sur lequel vous pouvez créer un compte. Votre compte vous permet deux choses intéressantes :

1. Synchroniser votre bibliothèque de références de votre logiciel au cloud de Zotero. Une fois votre compte Zotero créer, dans le logiciel : Édition -> Paramètres -> Synchronisation -> Rentrez votre nom d'utilisateur et votre mot de passe, et c'est bon ! Vous pouvez soit activer ou non la synchronisation automatique et la synchronisation des fichiers joints de votre bibliothèque en utilisant Zotero. La synchronisation des fichiers joints de vos références occupe du stockage sur votre compte en ligne, ce dernier dispose de 300 MB de stockage.
   
2. Créer des bibliothèques de groupe. Elles vous permettent de partager une bibliothèque Zotero avec d'autres personnes, pour que celles-ci puissent voir, consulter, rajouter en enlever des références de la bibliothèque de groupe. Pour inviter des personnes dans votre bibliothèque de groupe, vous devez utiliser l'adresse mail que celles-ci ont utilisé pour créer leur compte Zotero.

Cette partie concerne l'utilisation des marqueurs et l'installation de plugins complémentaires qui vous permettent de rajouter des fonctionnalités diverses.

L'utilisation des marqueurs

Les marqueurs sont associés aux références de votre bibliothèque. Ils permettent :  - de faciliter la recherche dans votre bibliothèque Zotero et de retrouver vos références.  - d'organiser votre travail en choisissant par exemple des marqueurs méthodologiques ou thématiques. Afficher la fenêtre des marqueurs (panneau de gauche) Les marqueurs  qui s’affichent dans cette fenêtre correspondent aux marqueurs associés aux références de la collection actuellement sélectionnée. Le bouton de la fenêtre des marqueurs permet d'accéder aux options d'affichage des marqueurs : afficher les marqueurs ajoutées manuellement, seulement ceux automatiques, les deux.
Vous pouvez rajoute un marqueur dans l'onglet "Marqueurs" de la colonne de droite de Zotero, la colonne des informations bibliographiques.
Il est possible d'associer des raccourcis et des couleurs à vos marqueurs favoris (9 marqueurs maximum). Dans la fenêtre des marqueurs, faites un clic-droit sur le marqueur de votre choix. Choisissez Attribuer une couleur. (c'est aussi comme ça que vous pouvez renommer ou supprimer un marqueur) Une couleur et une position (chiffre de 1 à 9) sont proposés par défaut. Vous pouvez les modifier. Cliquez sur "Définir la couleur". Pour supprimer ou modifier les couleurs et raccourcis, faites un clic-droit sur le marqueur, cliquez sur Attribuer une couleur puis cliquez sur Supprimer la couleur ou changez la couleur ou la position. Une fois une couleur attribuée à un marqueur, un carré de couleur s'affiche dans la section centrale, à gauche de chaque référence associée. Dans la fenêtre des marqueurs, les marqueurs favoris apparaissent en couleur et toujours en tête de liste quelle que soit la collection sélectionnée.

L'utilisation des plugins

Ici, nous vous présenterons 3 plugins différents : Attanger, Actions & Tags for Zotero et Scite.

Tout d'abord, il faut les installer !

1. Recherchez le plugin que vous voulez installer sur n'importe quel moteur de recherche, vous le trouverez très souvent sur GitHub.

2. Cliquez sur la dernière version disponible dans la partie "Releases" au milieu de la colonne de droite. Puis, faites un clic droit sur le fichier .xpi et cliquez sur "Enregistrer la cible du lien sous..." dans le fichier que vous voulez.

3. Ouvrez Zotero -> Outils -> Extensions -> Cliquez sur la roue des paramètre en haut à droite -> Install Plugins From File -> Sélectionner le fichier .xpi que vous aviez téléchargé. Normalement, l'extension est bien installée et vous pouvez maintenant retrouver ses paramètres dans les paramètres de Zotero directement (et non pas dans le menu extension).

Attanger

Attanger permet :

1. De rajouter automatiquement à Zotero le dernier .pdf que vous avez téléchargé dans un dossier que vous avez déterminé. Vous pouvez modifier ce dernier dans Zotero -> Édition -> Paramètres -> Attanger.

2. De déplacer automatiquement les fichiers joints dans un dossier défini hors de Zotero. Attanger vous permet donc notamment de synchroniser vos fichiers dans un cloud tiers si vous avez la version logiciel du cloud en question.. Vous pouvez y accéder dans Zotero -> Édition -> Paramètres -> Attanger. Grâce à cet outil, vous pouvez donc d'une part synchroniser vos références bibliographiques sur Zotero et d'autre part vos PDF sur un cloud tiers afin de contourner la limite de stockage de Zotero en ligne.

L'interface de Scite se situe tout en bas de la colonne des métadonnées d'une référence bibliographique (colonne de droite). Scite vous permet de rapidement voir sur Zotero si une ressource a été cité ou mentionné dans d'autres articles. Scite divise ces citations en 4 catégories : la simple mention, la citation, les citations qui soutiennent la ressource ou celle qui la contrastent. Dans le cas où vous voudriez plus d'information, vous pouvez cliquer sur le lien en bas de l'onglet qui vous renvoie vers la page de la ressource sur le site de Scite.

Actions & Tags permet de créer des actions automatiques et activables grâce à un raccourci paramétrable. Ces actions vous permettent notamment de rajouter et enlever des icônes en face des références bibliographiques. Afin de paramétrer cette extension, allez dans Édition -> Paramètres -> Actions & Tags.

Via ce menu, vous pouvez : créer une action, la supprimer, la modifier et la dupliquer. Double-cliquer sur une action pour la paramétrer.

Les paramètres d'une action se décomposent en plusieurs éléments - de haut en bas : Name : Son nom. Event : Le contexte dans lequel l'action s'active automatiquement. Operation : l'action, par exemple créer un marqueur ou en retirer un. Data : par exemple pour l'ajout d'un marqueur, c'est ici que vous le choisissez. Vous pouvez y mettre une émoji, du texte, un marqueur Zotero comme /unread, etc... Shortcut : un raccourci à paramétrer si vous voulez déclencher une action directement. Menu label : nous vous recommandons de tout activer. Enabled : à cocher si vous voulez que l'action soit activée, à décocher si vous souhaitez la désactiver.

ZoteroBib est un outil mis à disposition par Zotero qui vous permet de créer une courte bibliographie selon la norme de votre choix dans le cas où vous n'auriez qu'une petite dizaine de références. Allez sur ZoteroBib puis :

	1. Taper ou copier/coller un titre,  un ISBN, un url, un DOI, une référence, etc. Cliquer sur Edit pour ajouter les informations manquantes à la référence s'il y a lieu.   Pour les références de sites web ou de documents de sites web en français, puisqu'elles sont rarement trouvées, nous recommandons l'utilisation de «Manuel Entry». Cette fonction permet d'entrer manuellement toutes les informations nécessaires pour générer une référence.
	2. Choisir un style bibliographique (par exemple : Vancouver ou APA)
	3. Copier/coller dans votre traitement de texte Pour copier/coller dans la bibliographie : Note : n'oubliez pas de signaler dans le corps du texte les insertions bibliographiques (chiffres ou auteurs/dates)
	Pour citer dans le texte :